メタゲノムシーケンシング（NGS）
サービスの利点
Ø微生物群集プロファイリングのための分離と培養フリー
Ø環境サンプル中の少量の種を検出する際の高解像度
Ø「メタ」のアイデアは、機能レベル、種レベル、遺伝子レベルですべての生物学的特徴を統合します。これは、現実に近い動的なビューを反映しています。
ØBMKは、10,000を超えるサンプルが処理され、さまざまなサンプルタイプで膨大な経験を蓄積しています。
サービス仕様
| シーケンスプラットホーム | としょうかん | 推奨データ収量 | 推定所要時間 |
| イルミナNovaSeq6000 | PE250 | 50K / 100K/300Kタグ | 30日 |
バイオインフォマティクス分析
ü生データの品質管理
üメタゲノムアセンブリ
ü非冗長遺伝子セットとアノテーション
ü種多様性分析
ü遺伝機能多様性分析
üグループ間分析
ü実験的要因に対する関連分析
サンプル要件と配信
サンプル要件：
にとってDNA抽出物:
| サンプルタイプ | 額 | 集中 | 純度 |
| DNA抽出物 | ＞ 30 ng | ＞1ng/μl | OD260 / 280 = 1.6-2.5 |
環境サンプルの場合：
| サンプルタイプ | 推奨されるサンプリング手順 |
| 土壌 | サンプリング量：約5 g;残っている枯れた物質は表面から取り除く必要があります。大きなピースを粉砕し、2mmフィルターを通過させます。予約用の滅菌EPチューブまたはサイロチューブにサンプルを分注します。 |
| 糞便 | サンプリング量：約5 g;予約のために、滅菌EPチューブまたはクライオチューブにサンプルを収集して分注します。 |
| 腸の内容 | サンプルは無菌状態で処理する必要があります。収集した組織をPBSで洗浄します。PBSを遠心分離し、EPチューブに沈殿剤を収集します。 |
| スラッジ | サンプリング量：約5 g;予約のために、滅菌EPチューブまたはクライオチューブにスラッジサンプルを収集して分注します |
| 水域 | 水道水や井戸水など、微生物の量が限られているサンプルの場合は、少なくとも1 Lの水を収集し、0.22μmフィルターを通過させて膜上の微生物を濃縮します。メンブレンを滅菌チューブに保管します。 |
| 肌 | 滅菌綿棒または外科用ブレードで皮膚表面を注意深くこすり、滅菌チューブに入れます。 |
推奨されるサンプル配信
サンプルを液体窒素で3〜4時間凍結し、液体窒素または-80度で長期保存します。ドライアイスを使用したサンプルの発送が必要です。
サービスワークフロー
サンプル配信
図書館建設
シーケンス
データ解析
アフターサービス
1.ヒストグラム：種の分布
2.KEGG代謝経路に注釈が付けられた機能遺伝子
3.ヒートマップ：相対的な遺伝子量に基づく微分関数
4.CARD抗生物質耐性遺伝子の回路
BMKケース
土壌-マングローブの根の連続体に沿った抗生物質耐性遺伝子と細菌性病原菌の蔓延
公開：Journal of Hazardous Materials、2021年
シーケンス戦略：
材料：マングローブの根に関連するサンプルの4つの断片のDNA抽出物：植えられていない土壌、根圏、表皮および内球の区画
プラットフォーム：イルミナHiSeq 2500
ターゲット：メタゲノム
16SrRNA遺伝子V3-V4領域
主な結果
土壌から植物への抗生物質耐性遺伝子（ARG）の普及を研究するために、マングローブ苗木の土壌根連続体のメタゲノム配列決定とメタバーコードプロファイリングを処理しました。メタゲノムデータは、抗生物質耐性遺伝子の91.4％が、上記の4つの土壌区画すべてで一般的に同定されたことを明らかにしました。16S rRNAアンプリコンシーケンスにより、346種を表す29,285シーケンスが生成されました。アンプリコンシーケンシングによる種のプロファイリングと組み合わせると、この播種は根に関連する微生物叢とは無関係であることがわかりましたが、遺伝子要素の可動性によって促進される可能性があります。この研究は、相互接続された土壌-根の連続体を介して土壌から植物へのARGと病原体の流れを特定しました。
参照
Wang、C。、Hu、R。、Strong、PJ、Zhuang、W。、＆Shu、L。。（2020）。土壌-マングローブの根の連続体に沿った抗生物質耐性遺伝子と細菌性病原菌の蔓延。Journal of Hazardous Materials、 408、124985。
