メタゲノムシーケンス-Ngs
メタゲノムは、環境やヒトのメタゲノムなど、生物の混合群集の総遺伝物質のコレクションです。栽培可能で培養できない微生物の両方のゲノムが含まれています。 NGSを使用したショットガンメタゲノムシーケンスにより、分類学的プロファイリング以上のものを提供することにより、環境サンプルに埋め込まれたこれらの複雑なゲノム環境の研究により、種の多様性、豊かなダイナミクス、複雑な集団構造に関する粒度も与えられます。分類学的研究を超えて、ショットガンメタゲノミクスは機能的なゲノミクスの観点も提供し、エンコードされた遺伝子の探求と生態学的プロセスにおけるその推定役割を可能にします。最後に、遺伝的要素と環境要因との間に相関ネットワークの確立は、微生物群集とその生態学的背景の間の複雑な相互作用の全体的な理解に貢献します。結論として、メタゲノムシーケンスは、多様な微生物群集のゲノム複雑さを解明するための極めて重要な機器として存在し、これらの複雑な生態系内の遺伝学と生態学の間の多面的な関係を照らします。
プラットフォーム：Illumina NovaseqおよびDnbSeq-T7
サービスの利点
●微生物群集プロファイリングのための分離および栽培のない方法：耕作不可能な生物からの遺伝物質のシーケンスを有効にする。
●高解像度：環境サンプルの低積立種を検出します。
●包括的なバイオインフォマティクス分析：分類学的多様性だけでなく、コミュニティの機能的多様性にも焦点を当てました。
●豊富な経験：さまざまな研究ドメインで複数のメタゲノミクスプロジェクトを閉鎖し、200,000を超えるサンプルを処理したという実績により、当社のチームはすべてのプロジェクトに豊富な経験をもたらします。
サービス仕様
| シーケンスプラットフォーム | シーケンス戦略 | 推奨されるデータ | 品質管理 |
| Illumina novaseqまたはdnbseq-t7 | PE150 | 6-20GB | Q30≥85％ |
サービス要件
| 濃度（ng/µL） | 総額（ng） | ボリューム（µL） |
| ≥1 | ≥30 | 20以上 |
●土壌/スラッジ：2-3g
●腸の含有量 - 動物：0.5-2g
●腸内コンテンツ - セクト：0.1-0.25g
●植物表面（濃縮堆積物）：0.5-1G
●発酵スープ濃縮堆積物）：0.2-0.5g
●糞便（大型動物）：0.5-2g
●FAECES（マウス）：3-5粒
●肺肺胞洗浄液：ろ紙
●膣スワブ：5-6スワブ
●皮膚/性器スワブ/唾液/経口軟部組織/咽頭スワブ/直腸スワブ：2-3スワブ
●表面微生物：5-6スワブ
●Waterbody/Air/Biofilm：ろ紙
●内生菌：2-3g
●歯科用プラーク：0.5-1G
サービスワークフロー
サンプル配信
図書館の建設
シーケンス
データ分析
アフターセールサービス
次の分析を含めます。
●データ品質制御のシーケンス
●メタゲノムアセンブリと遺伝子予測
●遺伝子注釈
●分類学的アルファ多様性分析
●コミュニティの機能分析：生物学的機能、代謝、抗生物質耐性
●機能的多様性と分類学的多様性の両方の分析：
ベータダイバーシティ分析
グループ間分析
相関分析：環境要因と組成と多様性の間
機能分析：カード抗生物質耐性
KEGG代謝経路の微分分析：重要な経路のヒートマップ
分類学的分布のアルファ多様性：ACEインデックス
分類分配のベータ多様性：PCOA
キュレーションされた出版物のコレクションを通じて、Bmkgeneのメタゲノムシーケンスサービスによって促進された進歩をIlluminaで促進します。
Hai、Q。et al。 （2023）「異なる培養水温で感染性造血壊死性ウイルスに感染した虹のマス（Oncorhynchus mykiss）の腸内含有量の変化のメタゲノムおよび代謝分析」、微生物学のフロンティア、14、p。 1275649。doi：10.3389/fmicb.2023.1275649。
Mao、C。etal。 （2023）「さまざまな栄養状態の都市湖における微生物群集、抵抗遺伝子、および抵抗リスク：内部リンクと外部の影響」、Journal of Hasardous Materials Advances、9、p。 100233。doi：10.1016/j.hazadv.2023.100233。
Su、M。etal。 （2022）「メタゲノム分析により、羊考えた液体関連微生物と固体関連微生物の組成と機能の違いが明らかになりました」微生物学のフロンティア、13、p。 851567。doi：10.3389/fmicb.2022.851567。
Yin、J。etal。 （2023）「肥満のningxiang由来の微生物叢は、カルニチン代謝を再配線して、赤身の豚に筋肉脂肪酸沈着を促進します」、イノベーション、4（5）、p。 100486。doi：10.1016/j.xinn.2023.100486。
Zhao、X。etal。 （2023） '中国のHaihe河口の上限と下流における代表的なバイオ/非分解性プラスチックおよび非プラスチック破片の潜在的なリスクに関するメタゲノムの洞察」、総環境の科学、887、p。 164026。doi：10.1016/j.scitotenv.2023.164026。
