De novo Ассамблеяи геномҳои fungal
BMKGENE роҳҳои ҳалли гуногунҷабҳаро барои геномҳои замбӯруғӣ пешниҳод мекунад, ки ба ниёзҳои гуногуни тадқиқотӣ ва пуррагии дилхоҳи геном ҷавобгӯ мебошанд. Истифодаи танҳо секвенсияҳои кӯтоҳхондашудаи Illumina имкон медиҳад, ки геноми пешнавис тавлид карда шавад. Кӯтоҳхондашуда ва секвенсияҳои дарозхондашуда бо истифода аз Nanopore ё Pacbio барои геноми такмилёфтаи замбӯруғӣ бо пайвандҳои дарозтар якҷоя карда мешаванд. Ғайр аз ин, ҳамгироии секвенсияҳои Hi-C қобилиятҳоро боз ҳам беҳтар мекунад ва имкон медиҳад, ки геноми пурраи сатҳи хромосома ба даст оварда шавад.
Хусусиятҳои хидматрасонӣ
Вобаста аз дараҷаи дилхоҳи пуррагии геном, се варианти имконпазир барои интихоб:
● Варианти геноми лоиҳа: пайдарпайии кӯтоҳхонӣ бо Illumina NovaSeq PE150.
● Имконияти геноми майдаи занбӯруғӣ:
Тадқиқоти геном: Illumina NovaSeq PE150.
Маҷмӯи геном: PacBio Revio (хониши HiFi) ё Nanopore PromethION 48.
● Геном дар сатҳи хромосомаҳои занбӯруғӣ:
Тадқиқоти геном: Illumina NovaSeq PE150.
Маҷмӯи геном: PacBio Revio (хониши HiFi) ё Nanopore PromethION 48.
Лангари Contig бо истифода аз васлкунии Hi-C.
Бартариятҳои хизматрасонӣ
●Стратегияҳои сершумори пайдарпайӣ мавҷудандБарои ҳадафҳои гуногуни тадқиқотӣ ва талаботи пуррагии геном
●Ҷараёни пурраи кори биоинформатика:Ин ҷамъшавии геном ва пешгӯии унсурҳои сершумори геномӣ, аннотатсияи функсионалии ген ва мустаҳкамкунии пайвастагиро дар бар мегирад.
●Таҷрибаи васеъБо зиёда аз 12,000 геномҳои микробӣ, мо таҷрибаи беш аз даҳсола, як гурӯҳи таҳлилии баландихтисос, мундариҷаи ҳамаҷониба ва дастгирии аълои пас аз фурӯшро пешниҳод менамоем.
●Дастгирии пас аз фурӯш:Уҳдадории мо аз анҷоми лоиҳа фаротар меравад ва мӯҳлати хидматрасонии пас аз фурӯши 3-моҳаро дар бар мегирад. Дар ин муддат, мо пайгирии лоиҳа, кӯмаки ҳалли мушкилот ва ҷаласаҳои саволу ҷавобро барои посух додан ба ҳама гуна саволҳои марбут ба натиҷаҳо пешниҳод менамоем.
Мушаххасоти хидматрасонӣ
| Хизматрасонӣ | Стратегияи пайдарпайӣ | Назорати сифат |
| Геномҳои тарҳрезишуда | Иллюмина PE150 100x | Q30≥85% |
| Геномҳои хуб | Тадқиқоти геном: Illumina PE150 50 x Васлкунӣ: PacBio HiFi 30x ё Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb (ONT якҳуҷайравӣ) contig N50 ≥500kb (Дигарон) |
| Геном дар сатҳи хромосома | Тадқиқоти геном: Illumina PE150 50 x Васлкунӣ: PacBio HiFi 30x ё Nanopore 100x Маҷмӯаи Hi-C 100x | Таносуби пайвастшавӣ>90%
|
Талаботҳои хизматрасонӣ
| Консентратсия (нг/µL) | Миқдори умумӣ (мкг) | Ҳаҷм (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| ПакБио | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Нанопор | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Иллюмина | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Замбуруғи якҳуҷайравӣ: ≥3.5x1010 ҳуҷайраҳо
Замбуруғи макро: ≥10 г
Ҷараёни кори хидматрасонӣ
Таҳвили намуна
Сохтмони китобхона
Сиквенсия
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
Таҳлили зеринро дар бар мегирад:
Тадқиқоти геном:
- Назорати сифати маълумотҳои пайдарпай
- Арзёбии геном: андоза, гетерозиготӣ, унсурҳои такроршаванда
Маҷмӯи геноми майда:
- Назорати сифати маълумотҳои пайдарпай
- Де навМаҷлис
- Таҳлили ҷузъҳои геном: Пешгӯии CDS ва унсурҳои сершумори геномӣ
- Шарҳи функсионалӣ бо якчанд пойгоҳи додаҳои умумӣ (GO, KEGG ва ғайра) ва пойгоҳи додаҳои пешрафта (CARD, VFDB ва ғайра)
Маҷмӯаи Hi-C:
- Арзёбии китобхонаи Hi-C.
- Пайвастшавӣ ба лангар, кластеризатсия, тартибдиҳӣ ва самтгирӣ
- Арзёбии маҷмӯи HI-C: Дар асоси геноми истинодӣ ва харитаи гармӣ
Тадқиқоти геном: тақсимоти k-mer
Маҷмӯи геном: аннотатсияи гомологии генҳо (пойгоҳи додаҳои NR)
Маҷмӯи геном: шарҳи функсионалии ген (GO)
Пешрафтҳоеро, ки аз ҷониби хидматҳои васлкунии геноми замбӯруғии BMKGene тавассути маҷмӯаи нашрияҳои интихобшуда ба даст оварда шудаанд, омӯзед.
Ҳао, Ҷ. ва дигарон (2023) 'Профили ҳамгирошудаи омикӣ барои занбӯруғи шифобахши Inonotus obliquus дар шароити зериобӣ',Геномикаи BMC, 24(1), саҳ. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Лу, Л. ва дигарон (2023) 'Пайдарпайии геном эволютсия ва механизмҳои патогении патогени нуқтаи тези чашми гандум Rhizoctonia cerealisis-ро ошкор мекунад',Маҷаллаи зироат, 11(2), саҳ. 405–416. дои: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Чжан, Х. ва дигарон (2023) 'Манобеи геном барои чор намуди Кларидиа, ки боиси пайдоиши долл дар алафҳои гуногуни алафӣ мешаванд',Бемории растанӣ, 107(3), саҳ. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Чжан, С.С. ва дигарон (2023) 'Далелҳои генетикӣ ва молекулавии системаи ҷуфтшавии тетраполярӣ дар занбӯруғи хӯрданӣ Grifola frondosa',Маҷаллаи занбӯруғҳо, 9(10), саҳ. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
