Маҷмӯаи геномии Hi-C
Hi-C усулест, ки барои сабти конфигуратсияи хромосомаҳо тавассути якҷоя кардани зондкунии таъсири мутақобилаи наздикӣ ва пайдарпайии баланди иқтидор тарҳрезӣ шудааст. Шиддати ин таъсири мутақобилаҳо бо масофаи физикӣ дар хромосомаҳо робитаи манфӣ дорад. Аз ин рӯ, маълумоти Hi-C барои роҳнамоии кластеризатсия, тартибдиҳӣ ва самтгирии пайдарпайиҳои ҷамъшуда дар геноми лоиҳавӣ ва пайваст кардани онҳо ба шумораи муайяни хромосомаҳо истифода мешавад. Ин технология дар сурати набудани харитаи генетикии популятсия, ҷамъшавии геноми сатҳи хромосомаро имконпазир мегардонад. Ҳар як геном ба Hi-C ниёз дорад.
Хусусиятҳои хидматрасонӣ
● Пайдарпайӣ дар Illumina NovaSeq бо PE150.
● Хизматрасонӣ талаб мекунад, ки намунаҳои бофта, ба ҷои кислотаҳои нуклеинии истихроҷшуда, бо формальдегид пайванди салибӣ дошта бошанд ва таъсири мутақобилаи ДНК-сафедаро нигоҳ доранд.
● Таҷрибаи Hi-C маҳдудкунӣ ва таъмири нӯгҳои часпандаро бо биотин дар бар мегирад, ки баъдан даврашакл кардани нӯгҳои кунди ҳосилшуда бо нигоҳ доштани таъсири мутақобила сурат мегирад. Сипас ДНК бо муҳраҳои стрептавидин кашида шуда, барои омодасозии минбаъдаи китобхона тоза карда мешавад.
Бартариятҳои хизматрасонӣ
Шарҳи мухтасари Hi-C
(Либерман-Айден Э ва дигарон,Илм, 2009)
●Бартараф кардани ниёз ба маълумоти генетикии аҳолӣ:Hi-C маълумоти муҳимеро, ки барои пайваст кардани пайванди пайвастагӣ зарур аст, иваз мекунад.
●Зичии баланди нишонаҳо:ки ин ба сатҳи баланди пайвастшавии пайвастагӣ аз 90% зиёдтар оварда мерасонад.
●Сабтҳои васеи коршиносӣ ва нашрияҳо:Ширкати BMKGene таҷрибаи васеъ дар коркарди зиёда аз 2000 ҳолати ҷамъоварии геноми Hi-C аз 1000 намуди гуногун ва патентҳои гуногун дорад. Зиёда аз 200 ҳолати нашршуда омили таъсири ҷамъшавандаи зиёда аз 2000 доранд.
●Гурӯҳи баландихтисоси биоинформатика:Бо патентҳои дохилӣ ва ҳуқуқи муаллифии нармафзор барои таҷрибаҳои Hi-C ва таҳлили маълумот, нармафзори худсохти маълумоти визуализатсия имкон медиҳад, ки блокҳо дастӣ ҳаракат кунанд, баръакс кунанд, бекор кунанд ва аз нав иҷро кунанд.
●Дастгирии пас аз фурӯш:Ӯҳдадории мо аз анҷоми лоиҳа фаротар меравад ва мӯҳлати хидматрасонии пас аз фурӯши 3-моҳаро дар бар мегирад. Дар ин муддат, мо пайгирии лоиҳа, кӯмаки ҳалли мушкилот ва ҷаласаҳои саволу ҷавобро барои посух додан ба ҳама гуна саволҳои марбут ба натиҷаҳо пешниҳод менамоем.
●Шарҳи ҳамаҷонибаМо аз пойгоҳи додаҳои сершумор барои шарҳи функсионалии генҳо бо вариантҳои муайяншуда ва анҷом додани таҳлили мувофиқи ғанӣгардонӣ истифода мебарем ва дар бораи лоиҳаҳои сершумори тадқиқотӣ маълумот медиҳем.
Мушаххасоти хидматрасонӣ
| Омодагӣ ба китобхона | Стратегияи пайдарпайӣ | Баромади маълумоти тавсияшуда | Назорати сифат |
| Китобхонаи Hi-C | Иллюминаи НоваСек PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Талаботи намунавӣ
| Бофта | Маблағи зарурӣ |
| Узвҳои дарунии ҳайвонот | ≥ 2 г |
| Мушакҳои ҳайвонот | |
| Хуни ширхӯрон | ≥ 2 мл |
| Хуни мурғ/моҳӣ | |
| Барги тару тозаи растанӣ | ≥ 3 г |
| Ҳуҷайраҳои парваришёфта | ≥ 1x107 |
| Ҳашарот | ≥ 2 г |
Ҷараёни кори хидматрасонӣ
Тарроҳии таҷрибавӣ
Таҳвили намуна
Сохтмони китобхона
Сиквенсия
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
1) Назорати сифати маълумоти хом
2) QC китобхонаи Hi-C: арзёбии таъсири мутақобилаи дурусти Hi-C
3) Маҷмӯаи Hi-C: гурӯҳбандии контигҳо дар гурӯҳҳо, баъдан тартиби контиг дар дохили ҳар як гурӯҳ ва таъини самти контиг
4) Арзёбии Hi-C
QC Китобхонаи Hi-C – арзёбии ҷуфтҳои таъсири мутақобилаи дурусти Hi-C
Маҷлиси Hi-C – омор
Арзёбии пас аз васлкунӣ - харитаи гармии шиддати сигнал байни қуттиҳо
Пешрафтҳоеро, ки аз ҷониби хидматҳои васлкунии Hi-C-и BMKGene тавассути маҷмӯаи нашрияҳои интихобшуда ба даст оварда шудаанд, омӯзед.
Тиан, Т. ва дигарон (2023) 'Ҷамъоварии геном ва ҷудокунии генетикии як гермоплазмаи маъруфи ҷуворимаккаи ба хушкӣ тобовар', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), саҳ. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Ванг, ЗЛ ва дигарон (2020) 'Маҷмӯаи миқёси хромосомаи геноми занбӯри асал дар Осиё Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, саҳ. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Ошкор кардани эволютсияи биосинтези алкалоидҳои тропан тавассути таҳлили ду геном дар оилаи Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), саҳ. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. ва дигарон (2020) 'Геномҳои дарахти Баньян ва занбӯри гардолудкунанда ба эволютсияи ҳамбастагии занбӯри анҷир ва занбӯр фаҳмиш медиҳанд', Cell, 183(4), саҳ. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
