Пайдарпаии метагеномӣ -NGS
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
● Изолятсия ва бе парвариш барои профили ҷомеаи микробҳо
● Ҳалли баланд дар ошкор кардани намудҳои камшумор дар намунаҳои муҳити зист
● Идеяи «мета-» тамоми хусусиятҳои биологиро дар сатҳи функсионалӣ, дараҷаи намудҳо ва генҳо муттаҳид мекунад, ки назари динамикӣ ба воқеият наздиктар аст.
● BMK дар намудҳои гуногуни намуна бо зиёда аз 10,000 намунаҳо коркардшуда таҷрибаи зиёд ҷамъ мекунад.
Мушаххасоти хадамот
| Платформа | пайдарпай | Маълумоти тавсияшуда | Вақти гардиш |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 Г/10 Г/20 Г | 45 рӯзи корӣ |
Таҳлили биоинформатика
● Назорати сифати маълумоти хом
● Маҷмаи метагеном
● Маҷмӯи генҳои зиёдатӣ ва эзоҳ
● Таҳлили гуногунии намудҳо
● Таҳлили гуногунии функсияҳои генетикӣ
● Таҳлили байни гурӯҳҳо
● Таҳлили ассотсиатсия бар зидди омилҳои таҷрибавӣ
Талаботи намунавӣ ва интиқол
Талаботи намунавӣ:
БароиИқтибосҳои ДНК:
| Намунаи намуна | Маблағ | Консентратсияи | Покӣ |
| Иқтибосҳои ДНК | ＞ 100 нг | ＞ 1 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Барои намунаҳои муҳити зист:
| Навъи намуна | Тартиби тавсияшудаи интихоб |
| Хок | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Моддаи хушкшудаи боқимонда бояд аз рӯи замин хориҷ карда шавад;Порчаҳои калонро майда карда, аз филтри 2 мм гузаред;Намунаҳои аликвот дар қубури хушкидаи EP ё cyrotube барои фармоиш. |
| Наҷосат | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Намунаҳоро дар қубури хушкида ё криотубка барои фармоиш ҷамъоварӣ ва аликвот кунед. |
| Мазмуни рӯда | Намунаҳоро дар ҳолати асептикӣ коркард кардан лозим аст.Бофтаи ҷамъшударо бо PBS бишӯед;PBS-ро центрифуга кунед ва боришотро дар қубурҳои EP ҷамъ кунед. |
| лой | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Намунаи лойро дар қубури безараргардонии EP ё криотубка барои фармоиш ҷамъоварӣ ва аликвот кунед |
| Ҳаҷми об | Барои намуна бо миқдори маҳдуди микробҳо, ба монанди оби лӯла, оби чоҳ ва ғайра, ҳадди аққал 1 л об ҷамъ кунед ва аз филтри 0,22 мкм гузаред, то микробҳоро дар мембрана ғанӣ созед.Мембранаро дар найчаи стерилизатсияшуда нигоҳ доред. |
| Пӯст | Сатҳи пӯстро бо тампони пахтаи безарар ё теғи ҷарроҳӣ бодиққат пошед ва онро дар найчаи безарар ҷойгир кунед. |
Интиқоли намунаи тавсияшуда
Намунаҳоро дар нитрогени моеъ барои 3-4 соат ях кунед ва дар нитрогени моеъ ё -80 дараҷа то захираи дарозмуддат нигоҳ доред.Интиқоли намуна бо яхи хушк лозим аст.
Раванди кори хидмат
Интиқоли намуна
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
1.Гистограмма: Тақсимоти намудҳо
2.Генҳои функсионалӣ, ки ба роҳҳои метаболикии KEGG шарҳ дода шудаанд
3.Харитаи гармӣ: Функсияҳои дифференсиалӣ дар асоси фаровонии нисбии ген
4.Circos аз генҳои муқовимат антибиотик CARD
Парвандаи BMK
Паҳншавии генҳои муқовимат ба антибиотикҳо ва патогенҳои бактериявӣ дар тӯли континууми решаи хок-мангр
Нашр шудааст:Маҷаллаи маводҳои хатарнок, 2021
Стратегияи пайдарпайӣ:
Маводҳо: Иқтибосҳои ДНК аз чаҳор пораи намунаҳои решаи мангров: хоки шинонданашуда, ризосфера, эписфера ва қисмҳои эндосфера
Платформа: Illumina HiSeq 2500
Ҳадафҳо: Метагеном
Минтақаи гени 16S rRNA V3-V4
Натиҷаҳои асосӣ
Барои омӯзиши паҳншавии генҳои муқовимати антибиотикҳо (ARGs) аз хок ба растаниҳо, пайдарпайии метагеномӣ ва профили метабаркодкунӣ дар континууми хок-решаи ниҳолҳои мангр коркард карда шуданд.Маълумоти метагеномӣ нишон дод, ки 91,4% генҳои муқовимати антибиотикҳо одатан дар ҳама чаҳор қисмати хоки дар боло зикршуда муайян карда шудаанд, ки як мӯди доимиро нишон медиҳанд.Пайдарпаии ампликони 16S rRNA 29,285 пайдарпайро тавлид кард, ки 346 намудро ифода мекунад.Дар якҷоягӣ бо профили намудҳо тавассути пайдарпаии ампликон, ин паҳншавӣ аз микробиотаи бо реша алоқаманд новобаста аз он муайян карда шуд, аммо он метавонад тавассути мобилии элементҳои генетикӣ мусоидат кунад.Ин тадқиқот ҷараёни ARG ва микроорганизмҳои патогениро аз хок ба растаниҳо тавассути континууми ба ҳам пайвастшудаи хок ва реша муайян кард.
Истинод
Ван, С., Ху, Р., Стронг, ПҶ, Чжуан, В., ва Шу, Л.(2020).Паҳншавии генҳои муқовимати антибиотикҳо ва микроорганизмҳои бактериявӣ дар қад-қади континууми решаи хок-мангр.Маҷаллаи маводҳои хатарнок, 408, 124985.
