пайдарпайии метагеномӣ (NGS)
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
ØИзолятсия ва бе парвариш барои профили ҷомеаи микробҳо
ØҲалли баланд дар ошкор кардани намудҳои камшумор дар намунаҳои муҳити зист
ØИдеяи «мета-» тамоми хусусиятҳои биологиро дар сатҳи функсионалӣ, дараҷаи намудҳо ва генҳо муттаҳид мекунад, ки назари динамикиро ба воқеият наздиктар инъикос мекунад.
ØBMK дар намудҳои гуногуни намунаҳо бо зиёда аз 10,000 намунаҳо коркардшуда таҷрибаи азим ҷамъоварӣ мекунад.
Мушаххасоти хадамот
| пайдарпайПлатформа | Китобхона | Ҳосили тавсияшавандаи маълумот | Вақти тахминии гардиш |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50К/100К/300К Тегҳо | 30 рӯз |
Таҳлили биоинформатика
üНазорати сифати маълумоти хом
üМаҷмӯи метагеномҳо
üМаҷмӯи генҳои зиёдатӣ ва эзоҳ
üТаҳлили гуногунии намудҳо
üТаҳлили гуногунии функсияҳои генетикӣ
üТаҳлили байни гурӯҳҳо
üТаҳлили ассотсиатсия бар зидди омилҳои таҷрибавӣ
Талаботи намунавӣ ва интиқол
Талаботи намунавӣ:
БароиИқтибосҳои ДНК:
| Намунаи намуна | Маблағ | Консентратсияи | Покӣ |
| Иқтибосҳои ДНК | ＞ 30 нг | ＞ 1 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Барои намунаҳои муҳити зист:
| Навъи намуна | Тартиби тавсияшудаи интихоб |
| Хок | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Моддаи хушкшудаи боқимонда бояд аз рӯи замин хориҷ карда шавад;Порчаҳои калонро майда карда, аз филтри 2 мм гузаред;Намунаҳои аликвот дар қубури хушки EP ё cyrotube барои фармоиш. |
| Наҷосат | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Намунаҳоро дар қубури хушки EP ё криотубка барои фармоиш ҷамъ кунед ва аликвот кунед. |
| Мазмуни рӯда | Намунаҳоро дар ҳолати асептикӣ коркард кардан лозим аст.Бофтаи ҷамъшударо бо PBS бишӯед;PBS-ро центрифуга кунед ва боришотро дар қубурҳои EP ҷамъ кунед. |
| лой | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Намунаи лойро дар қубури безараргардонии EP ё криотубка барои фармоиш ҷамъоварӣ ва аликвот кунед |
| Ҳаҷми об | Барои намуна бо миқдори маҳдуди микробҳо, аз қабили оби лӯла, оби чоҳ ва ғайра, ҳадди аққал 1 л об ҷамъ кунед ва аз филтри 0,22 мкм гузаред, то микробҳоро дар мембрана ғанӣ созед.Мембранаро дар найчаи стерилизатсияшуда нигоҳ доред. |
| Пӯст | Сатҳи пӯстро бо тампони пахтаи безарар ё теғи ҷарроҳӣ бодиққат харошед ва онро дар найчаи стерилизатсия кунед. |
Интиқоли намунаи тавсияшуда
Намунаҳоро дар нитрогени моеъ барои 3-4 соат ях кунед ва дар нитрогени моеъ ё -80 дараҷа то нигоҳдории дарозмуддат нигоҳ доред.Интиқоли намуна бо яхи хушк лозим аст.
Раванди кори хидмат
Интиқоли намуна
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
1.Гистограмма: Тақсимоти намудҳо
2.Генҳои функсионалӣ, ки ба роҳҳои метаболикии KEGG шарҳ дода шудаанд
3.Харитаи гармӣ: Функсияҳои дифференсиалӣ дар асоси фаровонии нисбии ген
4.Circos генҳои муқовимати антибиотикҳои CARD
Парвандаи BMK
Паҳншавии генҳои муқовимат ба антибиотикҳо ва патогенҳои бактериявӣ дар тӯли континууми решаи хок-мангр
Нашр шудааст:Маҷаллаи маводҳои хатарнок, 2021
Стратегияи пайдарпайӣ:
Маводҳо: Иқтибосҳои ДНК аз чаҳор пораи намунаҳои решаи мангров: хоки шинонданашуда, ризосфера, эписфера ва қисмҳои эндосфера
Платформа: Illumina HiSeq 2500
Ҳадафҳо: Метагеном
Минтақаи гени 16S rRNA V3-V4
Натиҷаҳои асосӣ
Бо мақсади омӯзиши паҳншавии генҳои муқовимати антибиотикҳо (ARGs) аз хок ба растаниҳо, пайдарпайии метагеномӣ ва профили метабаркодкунӣ дар континууми хок-решаи ниҳолҳои мангр коркард карда шуданд.Маълумоти метагеномӣ нишон дод, ки 91,4% генҳои муқовимати антибиотикҳо одатан дар ҳама чор қисмати хоки дар боло зикршуда муайян карда шудаанд, ки мӯди доимиро нишон медиҳанд.Пайдарпаии ампликони 16S rRNA 29,285 пайдарпаӣ тавлид кард, ки 346 намудро намояндагӣ мекунад.Дар якҷоягӣ бо профили намудҳо тавассути пайдарпайии ампликон, ин паҳншавӣ аз микробиотаи бо реша алоқаманд новобаста аз он муайян карда шуд, аммо он метавонад тавассути мобилии элементҳои генетикӣ мусоидат кунад.Ин тадқиқот ҷараёни ARG ва патогенҳоро аз хок ба растанӣ тавассути континууми бо ҳам пайвастшудаи хок ва реша муайян кард.
Истинод
Ван, С., Ху, Р., Стронг, ПҶ, Чжуан, В., ва Шу, Л.(2020).Паҳншавии генҳои муқовимати антибиотикҳо ва микроорганизмҳои бактериявӣ дар қад-қади континууми решаи хок-мангр.Маҷаллаи маводҳои хатарнок, 408, 124985.
