Пайдарпаии метагеномӣ -NGS
Метагеном маҷмӯи маводи генетикии як ҷомеаи омехтаи организмҳо, ба монанди метагеномҳои муҳити зист ва инсон мебошад. Он дорои геномҳои ҳам микроорганизмҳои киштшаванда ва ҳам коркарднашаванда мебошад. Пайдарпаии метагеномии тирпарронӣ бо NGS имкон медиҳад, ки ин манзараҳои мураккаби геномии дар намунаҳои муҳити зист ҷойгиршуда тавассути пешниҳоди бештар аз профили таксономӣ, инчунин дар бораи гуногунии намудҳо, динамикаи фаровонӣ ва сохторҳои мураккаби популятсия фаҳмишҳои гранулӣ фароҳам оранд. Ғайр аз таҳқиқоти таксономӣ, метагеномикаи тирпарронӣ инчунин дурнамои функсионалии геномикро пешниҳод мекунад, ки имкон медиҳад, ки генҳои рамзгузорӣ ва нақшҳои тахминии онҳоро дар равандҳои экологӣ омӯзанд. Ниҳоят, таъсиси шабакаҳои таносуби байни унсурҳои генетикӣ ва омилҳои муҳити зист ба фаҳмиши ҳамаҷонибаи ҳамбастагии мураккаби байни ҷомеаҳои микробҳо ва заминаи экологии онҳо мусоидат мекунад. Хулоса, пайдарпайии метагеномӣ ҳамчун воситаи муҳим барои кушодани нозукиҳои геномии ҷомеаҳои гуногуни микробҳо, равшан кардани муносибатҳои бисёрҷанбаи генетика ва экология дар дохили ин экосистемаҳои мураккаб мебошад.
Платформаҳо: Illumina NovaSeq ва DNBSEQ-T7
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
●Усули ҷудокунӣ ва бидуни парвариш барои профилактикаи ҷомеаи микробҳо: Имкон медиҳад пайдарпайии маводи генетикӣ аз организмҳои коркарднашаванда.
●Қарори баланд: Дар намунаҳои муҳити зист намудҳои камшуморро ошкор кунед.
●Таҳлили ҳамаҷонибаи биоинформатика:Тамаркуз на танҳо ба гуногунии таксономӣ, балки ба гуногунии функсионалии ҷомеа низ нигаронида шудааст.
●Таҷрибаи васеъ:Бо таҷрибаи бомуваффақият бастани лоиҳаҳои метагеномикаи сершумор дар соҳаҳои гуногуни тадқиқотӣ ва коркарди зиёда аз 200,000 намуна, дастаи мо ба ҳар як лоиҳа таҷрибаи бой меорад.
Мушаххасоти хадамот
| Платформаи пайдарпай | Стратегияи пайдарпай | Маълумот тавсия дода мешавад | Назорати сифат |
| Illumina NovaSeq ё DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Гб | Q30≥85% |
Талаботи хидматрасонӣ
| Консентратсияи (ng/µL) | Маблағи умумӣ (нг) | Ҳаҷм (μL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Хок/шлам: 2-3г
● Мазмуни рӯда-ҳайвонот: 0,5-2г
● Мундариҷаи рӯда-ҳашарот: 0,1-0,25г
● Сатҳи растанӣ (таҳшини бойшуда): 0,5-1г
● шўрбои Fermentation таҳшин ғанишуда): 0.2-0.5g
● Наҷосат (ҳайвоноти калон): 0,5-2г
● Наҷосат (муш): 3-5 дона
● Моеъи шустани алвеолярии шуш: коғази филтр
● Тампончаи мањбал: 5-6 тампон
● Пӯст/тампончаи узвҳои таносул/гилоқ/бофтаи нарми даҳон/ тампончаи ҳалқ/ тампончаи рӯдаи рост: 2-3 тампон
● Микроорганизмҳои рӯизаминӣ: 5-6 тампон
● Оби об/ҳаво/филм: коғази филтр
● Эндофитҳо: 2-3г
● Пласти дандонпизишкӣ: 0,5-1г
Раванди кори хидмат
Интиқоли намуна
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
Таҳлили зеринро дар бар мегирад:
● пайдарпайии назорати сифати маълумот
● Ассамблеяи метагеномӣ ва пешгӯии ген
● Шарҳи ген
● Таҳлили гуногунии алфа таксономӣ
● Таҳлили функсионалии ҷомеа: функсияи биологӣ, мубодилаи моддаҳо, муқовимати антибиотикҳо
● Таҳлил оид ба гуногунии функсионалӣ ва таксономӣ:
Таҳлили гуногунии бета
Таҳлили байни гурӯҳҳо
Таҳлили таносуб: байни омилҳои муҳити зист ва таркиб ва гуногунии OUT
Таҳлили функсионалӣ: муқовимати антибиотикҳои CARD
Таҳлили дифференсиалии роҳҳои метаболикии KEGG: харитаи гармии роҳҳои муҳим
Гуногунии алфа тақсимоти таксономӣ: Индекси ACE
Гуногунии бета тақсимоти таксономӣ: PCoA
Пешрафтҳоеро, ки тавассути хадамоти пайдарпайии метагеномҳои BMKGene бо Illumina тавассути маҷмӯаи нашрияҳо мусоидат мекунанд, омӯзед.
Хай, Q. ва дигарон. (2023) 'Таҳлили метагеномӣ ва метаболомикӣ дар таркиби рӯдаҳои гулмоҳии рангинкамон (Oncorhynchus mykiss), ки бо вируси сироятии некрозҳои гемопоэтикӣ дар ҳарорати гуногуни обҳои фарҳангӣ мубтало шудаанд',Сарҳадҳо дар микробиология, 14, саҳ. 1275649. дои: 10.3389 / FMICB.2023.1275649.
Мао, Ц ва дигарон. (2023) 'Ҷамоатҳои микробҳо, генҳои муқовимат ва хатарҳои муқовимат дар кӯлҳои шаҳрии ҳолати трофикии гуногун: Пайвандҳои дохилӣ ва таъсироти беруна',Маҷаллаи пешрафтҳои маводҳои хатарнок, 9, саҳ. 100233. дои: 10.1016/Ҷ.ХАЗАДВ.2023.100233.
Су, М. (2022) 'Таҳлили метагеномӣ фарқиятро дар таркиб ва функсияи байни микроорганизмҳои бо моеъ алоқаманд ва сахти алоқаманди гӯсфандони румин ошкор кардааст',Сарҳадҳо дар микробиология, 13, саҳ. 851567. дои: 10.3389 / FMICB.2022.851567.
Ин, J. ва дигарон. (2023) 'Микробиоти аз хуки фарбеҳе, ки аз хук ба даст омадаанд, метаболизми карнитинро барқарор мекунад, то ба таҳшиншавии кислотаи равғании мушакҳо дар хукҳои лоғар DLY мусоидат кунад',Инноватсия, 4(5), с. 100486. дои: 10.1016 / J.XINN.2023.100486.
Чжао, X. ва дигарон. (2023) 'Фаҳмишҳои метагеномӣ дар бораи хатарҳои эҳтимолии партовҳои биологӣ / вайроннашавандаи пластикӣ ва ғайрипластикӣ дар маҷрои боло ва поёнии Эстуарии Ҳайхе, Чин',Илм дар бораи муҳити зист, 887, с. 164026. дои: 10.1016 / J.SCITOTENV.2023.164026.
