Вуруд ба BMKCloud
1

mRNA-seq (NGS) бо геноми истинодӣ

百迈客云网站-11

mRNA-seq (NGS) бо геноми истинодӣ

RNA-seq як абзори стандартӣ дар илмҳои ҳаёт ва зироат аст, ки фосилаи байни геномҳо ва протеомҳоро пур мекунад. Қувваи он дар кашфи транскриптҳои нав ва муайян кардани ифодаи онҳо дар як таҳлил аст. Он ба таври васеъ барои таҳқиқоти муқоисавии транскриптомикӣ истифода мешавад, ки ба генҳои марбут ба хусусиятҳо ё фенотипҳои гуногун, ба монанди муқоисаи мутантҳо бо намудҳои ваҳшӣ ё ошкор кардани ифодаи ген дар шароити мушаххас, равшанӣ меандозад. Барномаи BMKCloud mRNA (Reference) миқдори ифода, таҳлили ифодаи дифференсиалӣ (DEG) ва таҳлили сохтори пайдарпайро ба лӯлаи биоинформатикии mRNA-seq (NGS) муттаҳид мекунад ва қувватҳои нармафзори шабеҳро муттаҳид мекунад ва қулайӣ ва осонии корбариро таъмин мекунад. Истифодабарандагон метавонанд маълумоти RNA-seq-и худро ба абр бор кунанд, ки дар он барнома як ҳалли ҳамаҷонибаи таҳлили биоинформатикии ягонаро пешниҳод мекунад. Илова бар ин, он ба таҷрибаи муштариён афзалият медиҳад ва амалиётҳои фардӣ, ки ба ниёзҳои мушаххаси корбарон мутобиқ карда шудаанд, пешниҳод мекунад. Истифодабарандагон метавонанд параметрҳоро муқаррар кунанд ва рисолати лӯлаи интиқолро мустақилона пешниҳод кунанд, гузориши интерактивиро тафтиш кунанд, маълумот/диаграммаҳоро бубинанд ва истихроҷи маълумотро, ба монанди: интихоби гени мақсаднок, кластеризатсияи функсионалӣ, диаграммасозӣ ва ғайра, анҷом диҳанд.

Натиҷаҳои намоишӣ
Истихроҷи маълумот
Талаботи воридот
Таҳлили асосӣ
Маълумотнома
Натиҷаҳои намоишӣ

Истихроҷи маълумот

Талаботи воридот

Платформа:Иллюмина, MGI
Стратегия:РНК-Система
Тарҳбандӣ: Маълумоти тоза ва пардозшуда.
Навъи китобхона:fr-беришта, fr-риштаи аввал ё fr-риштаи дуюм
Давомнокии хондан:150 б.п.
Навъи файл:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz ё *.fq.gz. Система хоҳад кардфайлҳои .fastq-ро мувофиқи номҳои файлҳояшон ба таври худкор ҷуфт мекунанд,масалан, *_1.fastq ҷуфт бо *._2.fastq.
Шумораи намунаҳо:Дар шумораи шумора ягон маҳдудият вуҷуд надораднамунаҳо, аммо вақти таҳлил бо шумораи онҳо зиёд мешаваднамунаҳо мерӯянд.
Миқдори тавсияшудаи маълумот:6G барои як намуна

Таҳлили асосӣ
Таҳлили асосӣ ва абзорҳои биоинформатикии mRNA-seq (Маълумотнома)лӯлаи хатти лула чунин аст:
1. Назорати сифати маълумоти хом:
•Бартараф кардани силсилаҳои пастсифат, силсилаҳои адаптерҳо,ва ғайра;
•Асбобҳо: лӯлаи коркардшуда дар дохили ширкат;
2. Мутобиқсозии маълумот ба геноми истинодӣ:
• Мутобиқ кардани хонишҳо бо алгоритми огоҳ ба пайвастшавӣ бар зиддигеноми истинодӣ.
•Асбобҳо:ҲИСАТ2, асбобҳои самӣ
3. Таҳлили сифати китобхона:
• Таҳлили дарозӣ, таҳлили сершавии пайдарпайӣ ва ғайраро ворид кунед;
•Асбобҳо:асбобҳои самӣ;
4. Таҳлили сохтори пайдарпайӣ:
• Таҳлили алтернативии сплайсинг, беҳсозии сохтори генҳо,пешгӯии генҳои нав ва ғайра;
•Асбобҳо:Риштабандӣ, gffcompare, ГАТК,АЛМОС, InterProScan, ваҲММЕР.
5. Таҳлили ифодаҳои дифференсиалӣ:
•Скрининги DEG, таҳлили ҳамбастагӣ, функсионалӣғанӣ гардонидан;
Натиҷаҳои гуногуни визуализатсия;
RбоSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
Маълумотнома
1. Ким, Даеҳван ва дигарон. «Ҳамоҳангсозии геном дар асоси график вагенотипкунонӣ бо истифода аз HISAT2 ва HISAT-генотип.ТабиатБиотехнология37 (2019): 907 - 915.
2. МакКенна, Аарон ва дигарон. «Маҷмӯаи абзорҳои таҳлили геном: а»Чаҳорчӯбаи MapReduce барои таҳлили ДНК-и насли ояндамаълумоти пайдарпайӣ."Тадқиқоти геном209 (2010): 1297-303.
3. Ли, Хенг ва дигарон. «Формати ҳамоҳангсозии пайдарпайӣ/харита ваSAMtools.Биоинформатика25 (2009): 2078 - 2079.
4. Пертеа, Михаэла ва дигарон. "StringTie имкон медиҳад, ки такмил дода шавадбарқарорсозии транскриптом аз хондани RNA-seq."ТабиатБиотехнология33 (2015): 290-295.
5. Лав, Майкл И. ва дигарон. «Баҳодиҳии мӯътадили тағйирёбии қат вапарокандагӣ барои маълумоти RNA-seq бо DESeq2.ГеномБиология15 (2014): саҳ. н.
6. Эдди, Шон Р.. “Ҷустуҷӯҳои профили HMM-и суръатбахш.”PLoS Биологияи ҳисоббарорӣ7 (2011): саҳ. н.

нархнома гиред

Паёми худро дар ин ҷо нависед ва ба мо фиристед

Паёми худро ба мо фиристед: