Харитаи гармӣ
Асбоби Харитаи гармӣ файли додаҳои матритсаро ҳамчун вуруд қабул мекунад ва ба корбарон имкон медиҳад, ки маълумотро филтр, нормалсозӣ ва кластер кунанд. Ҳолати асосии истифодаи харитаҳои гармӣ таҳлили кластерии сатҳи ифодаи генҳо байни намунаҳои гуногун мебошад.
Аннотацияи ген
Воситаи Аннотацияи ген тавзеҳи генро дар асоси ҳамоҳангсозии пайдарпайии файлҳои вуруди FASTA бо пойгоҳи додаҳои гуногун иҷро мекунад.
Асбоби асосии ҷустуҷӯи ҳамоҳангсозии маҳаллӣ (BLAST)
Воситаи BLAST як версияи ҳамгирошудаи BMKCloud NCBI BLAST мебошад ва метавонад барои иҷрои ҳамон вазифаҳо бо истифода аз маълумоти ба ҳисоби BMKCloud боршуда истифода шавад.
Пешгӯии CDS_UTR
Воситаи пешгӯии CDS_UTR барои пешгӯии минтақаҳои рамзгузорӣ (CDS) ва минтақаҳои рамзгузорӣнашаванда (UTR) дар пайдарпаии транскрипти додашуда дар асоси натиҷаҳои BLAST нисбат ба пойгоҳи додаҳои маълуми сафедаҳо ва натиҷаҳои пешгӯии ORF тарҳрезӣ шудааст.
Қитъаи Манҳеттен
Асбоби Manhattan Plot имкон медиҳад, ки таҷрибаҳои баланди намунавӣ нишон дода шаванд ва одатан дар таҳқиқоти ассотсиатсияи умуми геномӣ (GWAS) истифода мешаванд.
Диаграммаи Сиркос
Асбоби Диаграммаи CIRCOS визуалии муассирро таъмин мекунад, ки чӣ гуна хусусияти геномӣ дар геном тақсим карда мешавад. Хусусиятҳои умумӣ ҷойгоҳҳои миқдорӣ, SNPs, InDels, вариантҳои сохторӣ ва нусхабардориро дар бар мегиранд.
ғанисозии онтологияи ген (GO).
Асбоби GO Enrichment таҳлили ғанисозии функсионалӣ таъмин менамояд. Нармафзори ибтидоӣ дар ин асбоб бастаи TopGO-Bioconductor мебошад, ки таҳлили ифодаи дифференсиалӣ, таҳлили ғанисозии GO ва визуализатсияи натиҷаҳоро дар бар мегирад.
Таҳлили шабакаи вазншудаи генҳои муштарак (WGCNA)
WGCNA як усули истихроҷи додаҳо барои кашфи модулҳои муштараки генҳо мебошад. Он ба маҷмӯаи гуногуни баёния, аз ҷумла маълумоти ифодаи генҳои микроаррей ва NGS татбиқ мешавад.
InterProScan
Воситаи InterProScan таҳлил ва таснифоти пайдарпайии сафедаҳои InterPro-ро таъмин мекунад.
GO KEGG ғанисозии
Асбоби ғанисозии GO KEGG тарҳрезӣ барои тавлиди гистограммаи ғанисозии GO, гистограммаи ғанисозии KEGG ва роҳи ғанисозии KEGG дар асоси маҷмӯи генҳои пешниҳодшуда ва шарҳи мувофиқ мебошад.